但從大豆品質來看，中、美大豆的差距還真的不小。中國的糧食商人指出，從榨油角度來說，自然美國的大豆出油率更高（20%），而中國的國產大豆出油率偏低（18%）。而從蛋白角度來說，則是國產大豆的蛋白質含量相對較高。造成這種局面的一大原因就是美國轉基因大豆的改良，基于大豆多用來榨油的用途，通過轉基因方式對于大豆品質做了改良。
從成本角度比較，中國大豆遠遜于美國大豆。根據《中國物價》雜誌于2018年初作出深入報導，近10年，中國大豆畝均生產成本呈現持續增長趨勢，且增長速度遠高于美國大豆。2005~2014年中國大豆畝均生產成本上升約1.5倍，年均增長率約為10.55%；美國大豆畝均生產成本上升43.18%，年均增長率約為4.07%，增速遠低于中國。2010年以前，中國畝均生產成本低于美國，但由于中國畝均成本增速較快，而美國保持緩慢平穩增長，因而2010年后中國畝均生產成本超過美國，且差距不斷擴大。從單位產品生產成本角度來看，中國大豆的生產成本劣勢更加明顯。近10年，中國大豆平均單位產品生產成本為3.16元/千克，高于美國平均水平1.09元/千克，且成本差異呈現不斷擴大的趨勢。說明中國大豆較美國存在較大的單產劣勢，這可能是由種植技術和種子質量等因素造成。
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