第二次國共內戰結束後實際統治臺澎金馬地區的中華民國，1971年因其於聯合國擁有的中國席位被中華人民共和國取代後，也被迫退出隸屬於聯合國之下的世界衛生組織，此後便由於「中國代表權問題」的因素，失去與世界衛生組織相互間的官方聯繫。1972年第25屆世界衛生大會（WHA）決議中華人民共和國正式取代中華民國在世界衛生組織的席位。
自1997年起，中華民國政府每年都嘗試以不同名義（如以中華民國正式國名，或改以臺灣、中華臺北等折衷名稱）重新參與世界衛生組織以及世界衛生大會，但均遭到WHO秘書處的拒絕。馬英九上臺後，兩岸關係大幅改善。2009年，WHO同意中華民國政府以觀察員身分參加世界衛生大會，同年5月行政院衛生署署長葉金川以「 中華臺北」的名義接受世界衛生大會的邀請。2017年5月，因蔡英文上臺導致的兩岸關係惡化使臺灣首次未能取得觀察員邀請函，最後經外交管道折衝，取得10張旁聽證。[1]另外，2009年H1N1流感大流行在世界衛生組織的疫情通報網頁上，中華民國的病例列於「中華臺北」項下[2]，與2003年SARS期間中華民國的病例列入中華人民共和國疫情有所不同。
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